Looduslikes toidulisandites kasutatakse enim taimeensüüme, millest levinuimad on proteaasid, lipaasid, amülaasid ja tsellulaasid, mis moodustavad umbes 80% müüdavatest ensüümidest. Need pärinevad kerahallikutest, neid toodetakse labtoritingimustes taimedel, näiteks sojal ja odral, ning kutsutakse taime-, mikroobi- ja seeneensüümideks. Taimeensüümid on kõikidest valikutest kõige aktiivsemad ehk suutelisemad. See tähendab, et need sisaldavad väga aktiivseid ühikuid ja suudavad lagundada rohkem rasvu, valke ja sahhariide kõige laiemas pH-väärtuste vahemikus võrreldes teiste ensüümidega.

Taimeensüümid on kasulikud terve seedesüsteemi loomiseks ja hoidmiseks. Tänu neile väheneb kehal vajadus toota seedeensüüme ja selle asemel on võimalik toota rohkem ainevahetusensüüme. Neid ensüüme võib kasutada ka mitmesugustes preparaatides, mis on ette nähtud teatud tervisehäirete ravimiseks. Osad ensüümid (vt allapoole) sobivadki paremini pigem eriotstarbeliseks raviks kui kehas ensüümide varu säilitamiseks.

Papaiin on proteolüütiline ensüüm, mida saadakse papaia piimamahlast. See ensüüm aktiveerub keskkonnas, mille pH-väärtus on 6 kuni 8 ja inimese kehatemperatuurist kõrgemal temperatuuril. Sel põhjusel kasutatakse papaiini ja bromelaiini sageli põletike vähendamiseks, kuna põletiku piirkonnas on temperatuur alati kõrgem kui ülejäänud kehas. 

Bromelaiin on proteolüütiline ja piima tarretav ensüüm, mida saadakse ananassi südamikust. Selle ensüümi kontsentraati võib kasutada põletikuvastase ainena, liha pehmendajana ja õlle jahutamisel valgusademe lagundamiseks. Sarnaselt pepsiiniga on ka bromelaiin aktiivne ainult normaalsest kehatemperatuurist kõrgemal temperatuuril.

Kerahalliku ensüümide puhul on korduvalt näidatud, et neid on ohutu kasutada toiduainetööstuses. USA Toidu- ja Ravimiameti kohaselt peetakse neid toiduks. Nimetatud ensüüme võib sisse võtta koos einega, et toetada toidu seedimist, või einete vahepeal, et toita ja tugevdada keha üldiselt. Keha väljutab taimeensüümid, kui kogu nende aktiivsus on ära kasutatud. Kuna taimeensüümid on toit, mis on kehale loomuomane, ja kuna need on kõige suutelisemad, eelistataksegi neid sageli teist tüüpi ensüümidele. Alljärgnevalt esitatud loendis on teist tüüpi ensüümid, mida tavaliselt müüakse enamikus tervisetoidupoodides.

Pankreatiin on aine, mis pärineb sigade või veiste pankreasest ning sisaldab proteolüütilisi ensüüme (need on ensüümid, mis lagundavad valke), amülaasi ja lipaasi. Nende ensüümide puhul on põhjalikult uuritud nende põletikuvastast toimet. Saksamaal on pankreatiini edukalt kasutatud kõhunäärme tugevdamiseks molekulaarsel viisil. Kuna see on eritatav ühend, pakub see sarnast tuge nagu kilpnäärme kompleks pakub inimese kilpnäärmele. Siiski ei soovita dr Roy Dittinan võtta kõhunäärmeensüüme raseduse ajal või verevedeldajate kasutamisel.

Pepsiin on proteolüütiline ensüüm, mida tavaliselt eraldatakse sigade maost. See on maomahla üks peamisi seedekomponente. Pepsiini antakse tavaliselt valkude lagundamise raskusega inimestele, ent pepsiin on aktiivne ainult normaalsest kehatemperatuurist kõrgemal temperatuuril.

Kümotrüpsiin on proteolüütiline ensüüm, mis eraldatakse veiste ja sigade kõhunäärmest. See ensüüm vajab aktiveerumiseks pH-d väärtusega 8.

Trüpsiin on proteolüütiline ensüüm, mis moodustub sooles ja seda eraldatakse loomade soolest või kõhunäärmest. See ensüüm lagundab arginiini või lüsiini ning toimib ainult leeliselises keskkonnas. Tänapäeval on see sageli kaetud, et see jõuaks peensoole keskkonda, milles on pH 8. Trüpsiini kasutatakse tavaliselt kõhunäärme ja peensoole tugevdamiseks.